ABSTRACT

Little information is available on the nitrifying bacteria community in intensive shrimp culture systems. Study on the dynamics of this group of bacteria in the shrimp ponds would help manage the pond more efficiently. A study on density, diversity and predominant species of nitrifying bacteria in a shrimp pond was conducted at a shrimp farming area in Soc Trang. Sediment samples were collected in two ponds at the beginning, middle and the end of culture period. Density of bacteria was determined by the classical method (Most Probable Number) and a molecular technique (Real Time-PCR). Diversity of nitrifying bacteria was measured by the DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) technique. The results showed that density of nitrification bacteria (MPN method) varied from 10²-10⁴ MPN/g sediment and not significantly different during sampling duration. Densities of Nitrosomonas varied from 10²-0.7ì10³ MPN/g and   of Nitrobacter varied from 1.2ì10³-9.1ì10⁷MPN/g by RT-PCR analysis. Community diversity was unchanged and Nitrosomonas europaea was the predominant species in pond sediments during the shrimp growing period.

Keywords: Nitrosomonas, Nitrobacter, MPN, Real-Time PCR, DGGE

Title: Study on density and biodiversity of Nitrifying bacteria on shrimp culture pond

TóM TắT

Kết quả nghiên cứu và thông tin về vi khuẩn chuyển hóa đạm trong ao nuôi tôm sú thâm canh hiện nay chưa nhiều. Việc nghiên cứu động thái của nhóm vi khuẩn này trong ao nuôi tôm sú thâm canh có thể giúp cho quá trình quản lý ao nuôi hiệu quả hơn. Chính vì thế nghiên cứu về mật độ vi khuẩn, tính đa dạng và loài chiếm ưu thế của nhóm vi khuẩn chuyển hóa đạm trong ao nuôi tôm sú thâm canh đã được thực hiện ở vùng nuôi tôm sú thâm canh ở Sóc Trăng. Mẫu bùn đáy ao được thu ở 2 ao tôm thâm canh vào thời điểm đầu, giữa và cuối chu kỳ nuôi. Mật số vi khuẩn được xác định bằng phương pháp khả hữu (Most Probable Number) và sinh học phân tử (Real-time PCR). Sự đa dạng quần thể vi khuẩn chuyển hóa đạm được xác định bằng kỹ thuật DGGE (Điện di biến tính). Kết quả phân tích cho thấy mật số vi khuẩn chuyển hóa đạm (MPN) dao động trong khoảng 10²-10⁴ MPN/g bùn, không có sự khác biệt lớn qua các đợt thu mẫu. Vi khuẩn Nitrosomonas biến động từ 10²-0,7ì10³ MPN/g. Mật độ vi khuẩn Nitrobacter phân tích bằng kỹ thuật RT-PCR trong khoảng 1,2ì10³-9,1ì10⁷ MPN /g bùn. Quần thể vi khuẩn không có sự biến động nhiều trong suốt vụ nuôi đã được kiểm chứng bằng kỹ thuật DGGE. Vi khuẩn chiếm ưu thế trong suốt vụ nuôi là Nitrosomonas europaea.

Từ khóa: Nitrosomonas, Nitrobacter, MPN, PCR, ReaTime-PCR, DGGE