Việc xâm nhiễm mặn đã ảnh hưởng lên cây lúa, làm giảm năng suất và chất lượng lúa, vì cây lúa rất mẫn cảm với mặn. Vì vậy, trong nghiên cứu này, dấu chỉ thị phân tử SSR được sử dụng trong chọn giống lúa mang kiểu gene chống chịu mặn và mang đặc tính phẩm chất ở 20 giống lúa cải tiến. Nghiên cứu đã đánh giá khối lượng 1.000 hạt, chiều dài hạt gạo, hàm lượng amylose. Bên cạnh đó, 12 dấu phân tử SSR liên kết với tính trạng số lượng (QTL) mang những kiểu gene chịu mặn nằm trên 12 nhiễm sắc thể (NST) được sử dụng để so sánh kiểu gene giữa giống chuẩn chống chịu mặn (Đốc Phụng) và giống chuẩn mẫn cảm mặn (IR29) với 20 giống lúa cải tiến tại Trường Đại học Cần Thơ. Kết quả cho thấy 3 giống lúa được chọn mang kiểu gene tương đồng với giống chuẩn chống chịu mặn (Đốc Phụng) và 3 giống này đều có dạng hạt thon dài. Hàm lượng amylose thấp (17,64%) ở giống MTL 859, hàm lượng amylose trung bình (22,70% và 24,52%) ở giống MTL 421 và MTL 743. Hai giống MTL 421 và MTL 859 mang kiểu gene thơm và có mùi thơm cấp 2 qua phương pháp thử KOH 1,7%. Kết quả này là cơ sở cho các nghiên cứu tiếp theo về các giống lúa cải tiến có khả năng chịu mặn trong tương lai.