ABSTRACT

Sixteen varieties of common cultivated mushroom in Mekong delta were investigated to observe their genetic diversity. Firstly, fruiting body samples of mushroom were collected. Then all of them were isolated in CHANG medium to get pure cultures of mycelium. DNA from mushroom hyphae was extracted by procedure adapted from Gardes and Bruns (1993). After that, ITS regions were amplified by PCR method with specific primers ITS1 and ITS4. Finally, the ITS sequences of sixteen mushroom varieties were analyzed and phylogenetic tree was created to express genetic relation among studied varieties. The result showed that mushroom varieties had diversity. The dendrogram indicated that mushroom varieties were closely related with high levels of bootstrap support. Genetic tree of studied varieties had two branches, each one had five varieties. The first one includes varieties belong to Volvariella volvaceae and it was divided into two groups. The other branch which includes varieties of oyster mushrooms was also divided into two groups belongs to Pleurotus cystidiosus, Pleurotus floridanus strains, and Pleurotus pulmonarius. Both two golden needle mushroom samples were Flammulina velutipes. And the medicinal mushroom samples were belong to three strains including Ganoderma lucidum, Ganoderma gibbosum và Ganoderma tropicum.

Keywords: Cultivated mushroom, dendrogram, ITS (Internal transcribed spacer), sequencesinh

Title: Genetic diversity of common cultivated mushroom varieties based on its (internal transcribed spacer) sequences

TóM TắT

Mười sáu dòng nấm ăn ở các tỉnh Đồng bằng Sông Cửu Long đã được thu thập để khảo sát đa dạng di truyền. Quả thể các loài nấm được thu thập và phân lập trên môi trường Chang. DNA từ các tơ nấm được phân lập theo quy trình Gardes và Bruns (1993) có hiệu chỉnh. Vùng ITS1 + 5,8S+ ITS2 được khuếch đại bằng PCR với 2 cặp mồi ITS1, ITS4. Trình tự ITS của 16 dòng nấm được phân tích và xác lập giản đồ phả hệ. Kết quả đã xác định các mẫu nấm rơm khảo sát đều thuộc loài Volvariella volvaceae, các mẫu nấm bào ngư trắng thuộc loài Pleurotus ostreatus, các mẫu nấm bào ngư Nhật thuộc loài Pleurotus cytidiosus, nấm bào ngư xám thuộc loài Pleurotus pulmonarius, hai mẫu nấm kim châm thuộc loài Flammulina velutipes. Đối với các mẫu nấm linh chi thuộc 3 loài: Ganoderma lucidum, Ganoderma gibbosum và Ganoderma tropicum. Giản đồ phả hệ cũng cho thấy mức tương quan di truyền giữa các loài nấm khảo sát với mức gắn bó bootstrap cao, có thể kết luận các loài này có nguồn gốc rất gần.

Từ khóa: Giải trình tự, giản đồ phả hệ, ITS (Internal transcribed spacer), nấm trồng