Các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành hiện nay được tổ chức nhiều hơn so với mô hình quy định trong Luật thanh tra năm 2010. Điều này khiến cho vấn đề về xây dựng cơ cấu tổ chức, ban hành quyết định thanh tra, thực hiện thẩm quyền trong quá trình thanh tra phát sinh nhiều vướng mắc. Qua các phân tích, bài viết đề xuất điều chỉnh mô hình theo hướng mở rộng hơn so với hiện nay nhưng cần ấn định rõ các nguyên tắc cứng rắn nhằm tránh tình trạng gia tăng số lượng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành bằng các văn bản ngoài Luật thanh tra.