Loại hình du lịch sinh thái ở ĐBSCL bắt đầu khởi sắc từ thập niên 1990 của thế kỷ 20. Các tuyến điểm gắn với du lịch sinh thái ở vùng ĐBSCL rất được du khách nước ngoài ưa chuộng. Theo Tổng cục Du lịch, giai đoạn 2006-2015, lượng khách du lịch đến vùng ĐBSCL tăng trung bình 11%/năm, tổng thu từ khách du lịch tăng trung bình 23,6%/năm. Để đạt được thành quả này, các địa phương đã tận dụng tốt những lợi thế so sánh về nguồn lợi tài nguyên du lịch của khu vực. Tuy nhiên, một số điểm du lịch sinh thái ở khu vực ĐBSCL đã giảm dần sức hút đối với du khách do sự đơn điệu và trùng lấp dịch vụ, đặc biệt là vấn nạn ô nhiễm môi trường sinh thái. Vì vậy, để phát triển du lịch bền vững, ngành du lịch ĐBSCL cần có những giải pháp thiết thực mang tính cấp thiết nhằm bảo vệ môi trường sinh thái và phát triển du lịch mang tính bền vững.