A DFT study of interactions between cis-[PtCl2(NH3)2] and cis-PtCl2(iPram)(Hpz)] with nucleobase guanine
Từ khóa:
Cisplatin, lý thuyết phiếm hàm mật độ, liên kết hydro, chống ung thư
Keywords:
Cisplatin, density functional theory, hydrogen bonding, anticancer
ABSTRACT
Interactions of hydrolysis products of cisplatin and its novel derivative cis-[PtCl2(iPram)(Hpz)] with nucleobase guanineare systematically examined for the first time using quantum chemical techniques. The density functional B3LYP method in conjunction with correlation-consistent basis sets, i.e. cc-pVTZ for non-metals and cc-pVTZ-PP for platinum, are employed to investigate thermodynamic parameters, electronic structures, bonding characteristics and spectroscopic properties of several different systems. The calculated results show that these interactions are dominated by electrostatic effects, namely hydrogen bonding, and there exists a flow charge from H atoms of ligands to O6 guanine. Another remarkable finding is that the repalcement of ammine groups by larger ones accompanies with a somewhat moderate interation between PtII and guanine.
TÓM TẮT
Sự tương tác giữa các sản phẩm thủy phân của cisplatin và một dẫn xuất mới của nó với nucleobase guanine lần đầu tiên được khảo sát một cách hệ thống bằng các phương pháp tính toán hóa học lượng tử. Lý thuyết phiếm hàm mật độ (B3LYP) kết hợp với các bộ cơ sở phù hợp tương quan (cc-pVTZ cho phi kim và cc-pVTZ-PP cho platinum) được sử dụng để khảo sát các tham số nhiệt động, cấu trúc điện tử, đặc điểm liên kết, tính chất quang phổ,... trên một loạt các cấu trúc khác nhau. Kết quả tính toán cho thấy liên kết H đóng vai trò trung tâm trong việc ổn định liên kết và điện tích được dịch chuyển từ nguyên tử H sang nguyên tử O6 guanine khi liên kết hyđro được hình thành. Điểm đáng lưu ý khác là sự thay thế các phối tử ammine trong cisplatin bởi những nhóm có kích thước lớn hơn làm cho sự tương tác giữa PtII với guanine trở nên ôn hòa hơn.
Trích dẫn: Phạm Vũ Nhật, Nguyễn Chí Thành, Dương Quốc Đạt và Hồ Thị Yến, 2016. Nghiên cứu lý thuyết sự tương tác của oxaliplatin với guanine và guanosine. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ. 45a: 110-117.
Trích dẫn: Phạm Vũ Nhật, 2017. Khảo sát sự dịch chuyển cấu trúc từ 2D sang 3D, so sánh độ bền của các cluster vàng AuN (n = 2 - 14) bằng lý thuyết phiếm hàm mật độ. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ. 50a: 21-28.
Vy, B. T., Nhat, P. V., 2017. An Ab initio study of cis-[PTCL2(Ipram)(Hpz)] binding to base purines guanine and adenine. Can Tho University Journal of Science. Vol 5: 65-79.
Tạp chí khoa học Trường Đại học Cần Thơ
Lầu 4, Nhà Điều Hành, Khu II, đường 3/2, P. Xuân Khánh, Q. Ninh Kiều, TP. Cần Thơ
Điện thoại: (0292) 3 872 157; Email: tapchidhct@ctu.edu.vn
Chương trình chạy tốt nhất trên trình duyệt IE 9+ & FF 16+, độ phân giải màn hình 1024x768 trở lên