ABSTRACT

For detection of fragrant genotyping in rice, we used primers based on a specific region of an eight base pair deletion and three SNP?s in a gene of chromosome 8 which encodes a putative betain aldehyde dehydrogenase 2 (BAD2). Using four primers within a single PCR reaction allows identification between homozygous fragrant, homozygous non-fragrant and heterozygous non-fragrant individuals in a population segregating for fragrance.

Primers ESP and IFAP amplify a 257 bp fragment DNA from a fragrant allele. Primers INSP and EAP amplify a 355 bp fragment DNA from a non-fragrant allele. Therefore, these specific primers are very useful for rapid detection of fragrance genotyping in rice varieties.

Keywords: Specific primer, BAD2 gene, Fragrant rice, PCR reaction

Title: Application of specific primers based on the BAD2 gene region for rapid detection of fragrant rice varieties

TóM TắT

Để phát hiện kiểu gen lúa thơm, chúng tôi đã sử dụng các đoạn mồi được thiết kế dựa trên một vùng chuyên biệt có sự loại bỏ tám cặp bp và ba trình tự chứa sự đa hình thái các nucleotid đơn (SNP) gen mã hoá cho enzime betain aldehyde dehydrogenase 2 (BAD2) nằm trên nhiễm sắc thể thứ 8. Việc sử dụng chung bốn đoạn mồi trong cùng một phản ứng PCR cho phép nhận diện giữa các cá thể thơm đồng hợp tử, không thơm đồng hợp tử và không thơm dị hợp tử trong một quần thể còn phân ly của lúa thơm.

Các đoạn mồi ESP và IFAP sản suất được một đoạn 257 bp từ một alen thơm. Các đoạn mồi INSP và EAP đã khuếch đại được một đoạn 355 bp từ một alen không thơm. Do đó, các đoạn mồi chuyên biệt này rất hữu dụng trong việc phát hiện nhanh kiểu gen thơm ở các giống lúa.

Từ khoá: Các mồi chuyên biệt, gen BAD2, lúa thơm, phản ứng PCR