ABSTRACT

Sixteen nitrogen fixing bacterial strains were isolated from paddy rhizosphere of four regions including Lai Vung, Thanh Binh, Tam Nong and Thap Muoi of Dong Thap province (each districts isolated four bacterial strains). These materials were used to extract DNA and then amplify 16S rDNA region by the primer pair of 27F and 1495R. The PCR products were then digested by four restriction enzymes consisting of MspI, SmaI, EcoRI and HinfI. The restriction enzyme which produced the highest polymorphism was MspI with PIC index of 0.9238, and the lowest polymorphism was EcoRI with PIC value of 0.6104. HinfI and SmaI produced 0.8298 and 0.7471 in PIC value, respectively. Clustering analysis using NTSYS PC2.0 showed that 16 bacterial strains were divided into six groups with dissimilarity of 0.65%. Bacterial strains isolated from the same districts also performed different pattern of DNA bands, and separated into distinct groups in the pedigree diagram. Four bacterial strains isolated from Lai Vung district provided dissimilarity of 1.87%, while the other four strains of Thanh Binh district gave 0.38% in dissimilarity percent. The dissimilarity of bacterial strains within groups of Tam Nong and Thap Muoi district were 1.70% and 1.21%, respectively. Eight bacterial strains isolated from aluminum soil of Tam Nong and Thap Muoi districts were separated into four groups, while the eight other bacterial strains from alluvial soil (Thanh Binh and Lai Vung districts) divided into three distinct groups.

Keywords: Nitrogen fixing bacterium, 16S rDNA region, polymorphism, restriction enzyme, polymorphism index content

Title: Study on 16S rDNA region of some nitrogen fixing bacteria isolated from paddy rhizosphere of Dong Thap province

TóM TắT

Mười sáu dòng vi khuẩn có khả năng cố định đạm được phân lập từ đất vùng rễ lúa được trồng tại bốn huyện thuộc Tỉnh Đồng Tháp là Lai Vung, Thanh Bình, Tam Nông và Tháp Mười (với 4 dòng ở mỗi Huyện) được phân tích vùng 16S rDNA bằng cặp mồi tổng 27F và 1495R, sản phẩm PCR được phân cắt bởi 4 enzyme cắt giới hạn (RE) là MspI, SmaI, EcoRI, HinfI. Kết quả enzyme MspI có mức đa hình cao nhất với chỉ số PIC là 0,9238, EcoRI có tỷ lệ đa hình thấp nhất với chỉ số PIC là 0,6104. Hai RE còn lại là HinfI và SmaI có chỉ số PIC lần lượt là 0,8298 và 0,7471. Kết quả phân nhóm bằng phần mềm NTSYS PC-2.1 cho thấy 16 dòng vi khuẩn được chia thành 6 nhóm ở mức khác biệt khảo sát là 0,654%. Các dòng vi khuẩn phân lập trong cùng một huyện cũng thể hiện sự khác biệt trên giản đồ phả hệ. Bốn dòng phân lập từ huyện Lai Vung có mức độ khác biệt 1,87%, huyện Thanh Bình khác biệt ở mức 0,38%, huyện Tam Nông là 1,70% và Tháp Mười là 1,21%. Tám dòng vi khuẩn thuộc nhóm đất phèn (huyện Tam Nông và huyện Tháp Mười) được phân thành 4 nhóm trong khi đó 8 dòng thuộc nhóm đất phù sa (huyện Thanh Bình và Lai Vung) phân bố trong 3 nhóm.

Từ khóa: chỉ số PIC, enzyme cắt giới hạn, sự đa hình, vi khuẩn cố định đạm, vùng gen 16S rDNA