ABSTRACT

This study was conducted to survey the Avian Influenza (AI) outbreak, virus circulation and initialized to analysis 2 gene segments such as HA (H5) and NA (N1) of AI virus (H5N1) at Ca Mau and Soc Trang provinces. They were amplified by Realtime RT-PCR and sequenced. The prevalence of AI virus, subtype H5 in Soc Trang was 1.67%, only in ducks and was not detected AI virus, subtype N1. The prevalence of AI virus, subtype H5 in Ca Mau was not detected. A total of 4 H5N1 samples at two provinces were isolated and their genome sequenced. Homology between two gene segments of 4 samples were evaluated by sequence comparision. By compairing with H5, N1 gene segments isolated in Vietnam and Asia countries, they were showed that homologous nucleotide and amino acid reached 92 ? 98% in H5 gene segment and 92 - 99% , 91 - 99%  in N1 gene segment, respectively. It was noteworthy that full-length H5, N1 gene segments were closely related to Guangdong strain which had origined from China.

Keywords: Avian Influenza, H5N1, gene

Title: The prevalence of Avian influenza virus and initialized analysis gene segments such as HA (H5) of AI virus (H5N1) at Ca Mau and Soc Trang provinces

TóM TắT

Đề tài được thực hiện nhằm khảo sát sự lưu hành của virus cúm gia cầm và bước đầu nghiên cứu trình tự gene HA (H5) và NA (N1) của một số chủng virus cúm gia cầm, subtype H5N1 tại tỉnh Cà Mau và Sóc Trăng. Bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR đã giúp phát hiện sự lưu hành của virus cúm gia cầm và với kỹ thuật giải mã gene đã bước đầu giải mã gene các chủng virus cúm gia cầm ở tỉnh Cà Mau và Sóc Trăng. ở tỉnh Sóc Trăng có sự lưu hành của virus cúm gia cầm subtype H5 với tỷ lệ 1,67% , xảy ra chủ yếu là trên vịt, không phát hiện sự lưu hành của subtype N1. ở tỉnh Cà Mau không phát hiện  sự lưu hành của virus cúm gia cầm subtype H5N1. Kết quả giải mã gene từ 4 mẫu của chủng virus cúm gây bệnh trên gia cầm ở tỉnh Cà Mau và Sóc Trăng có mức độ tương đồng về nucleotide và amino acid  92 ? 98%  trong trình tự gene H5, và trong trình tự gene N1 có tỷ lệ tương đồng tương đối cao 92 - 99% về thành phần nucleotide, 91 - 99% về amino acid với các chủng đã phân lập ở Việt Nam trước đây và 1 số nước Châu á. Các chủng virus thu nhận được có cùng nguồn gốc phát sinh với các chủng virus cúm gia cầm thuộc phân dòng Quảng Đông, Trung Quốc.

Từ khóa: Cúm gia cầm, H5N1, gene