Mè ra hoa kết trái suốt thời gian sinh trưởng, do đó xác định thời gian thu hoạch đúng lúc sẽ làm hạn chế mất hạt do nứt trái, hạt rơi xuống đất. Thu hoạch khi thấy lá bên dưới vàng trên 80% và trái có những đốm đen nhiều. Khi thu hoạch có thể dùng dao, lưỡi hái cắt sát gốc (Hình 7.1), cũng có nơi người ta nhổ mè bằng tay. Thu hoạch mè cho đến nay vẫn còn thu hoạch thủ công. Hay chỉ thu hoạch bằng máy cắt ngang gốc thân sau đó gom lại và phơi khô trên ruộng.